Rukainiai pirmą kartą buvo paminėti 1435 m. 1538 m. čia buvo pastatyta medinė bažnyčia, dabartinės mūrinės šv. Mykolo Arkangelo bažnyčios prototipas. 1744 m. įkurta Rukainių parapija. 1812 m. Rukainius nusiaubė prancūzų kariuomenė. Dabartinė Rukainių Šv. Mykolo bažnyčia pastatyta 1823 m. Tai akmenų mūro stačiakampio plano dviejų bokštų, turintis baroko stiliaus bruožų pastatas. Bažnyčioje yra trys paminklinės skulptūros: „Nazarietis“ (XIX a.), „Nuplaktas Kristus“ (XIX a.), „Nukryžiuotasis“ (XX a.).
2014 m. lapkričio 17-ąją Rukainiuse, ant bažnyčios išorinės sienos, atidengta ir pašventinta bažnyčios fundatoriui kun. Povilui Ksaverui Bžostovskiui skirta atminimo lenta. Lentą pagamino Rukainių gyventija Elžbieta Jankovska-Bortkevič. Tai pirmas jos pagamintas akmeninis bareljefas. Ant lentos yra užrašas lenkų ir lietuvių kalbomis: „1824–1827 metais šioje bažnyčioje sielovados tarnystę atliko pralatas, Pavlovo respublikos netoli Turgelių įkurėjas, Povilas Ksaveras Bžostovskis. 1739–1827. Dėkingi tautiečiai“.